Это могло случится при аварийном завершении программы, когда файл был не до конца записан. Мы с этим сталкивались пару раз за год. В новой версии думаем об автоматическом бакапе этих данных.
В Транзак можете в настройках провайдера данных установить параметр "Выводить свои сделки с", либо запустить скрипт с новым торговым именем.