Давайте разберемся с типами глюков (что у вас происходит) и тогда по каждому можно будет дать рекомендацию.

Пока я вижу, что если был пропущен вход или выход - то через Менеджер Команд можно выполнить пропущенный вручную или оставить пропущенным. Там же можно принудительно закрыть позицию, если она не нравится.