Чтобы скрипт подхватил позицию, сделанную вручную необходимо создать заявку (по рынку или как-то иначе, но сделка должна быть совершена) с полем Примечание следующего вида:
"Торговое_имя.Имя_блока_открытия"

Например, если скрипт называется "Мой скрипт", а имя блока открытия "Вход", то комментарий должен быть следующий "Мой скрипт.Вход".

Заявку можно создать в окне "Новая заявка", поле Комментарий (Примечание) находится в разделе "Дополнительные параметры заявки".

На следующем пересчете скрипта, он подхватит открытую позицию и выставит заявку на закрытие этой позиции

Закрывать позицию можно так же с комментарием. Для этого нужно в окне свои заявки найти номер заявки открытия позиции. Комментарий будет таким:
ТоргИмяСкрипта.ИмяБлокаВыхода$Close$НомерЗаявкиВхода