Рестарт программы отменяется если изменена конфигурация и при выходе из программы требуется подтверждение на перезапись конфигурации.
Вы можете изменить параметр "Сохранять конфигурацию при выходе" в настройках программы на "Никогда не сохранять" - при этом все текущие изменения потеряются, или на "Всегда сохранять" - изменения автоматически сохранятся.