Если позволите, то для реализации идеи блочного комментария предлагаю разбить всю рабочую область визуального редактора на две части (по горизонтали или по вертикали): рабочая область (то, что мы имеем сейчас) и область комментариев с возможностью перетаскивать блоки из одной области в другую и обратно. Область комментариев можно дополнительно выделить цветом (бледно-серым).

Блоки, которые находятся в области комментариев просто игнорируются вместе со связями с рабочими блоками и в конечной сборке не участвуют. Это позволит временно исключить группу блоков, чтобы проверить работу оставшихся блоков.

Желательно именно не удалять сами соединители, которые связывают блоки из разных областей, чтобы можно было без дополнительных затрат снова вернуть блоки из области комментариев в рабочую область, не восстанавливая связи заново.