Спасибо за сообщение. Поправил, будет в следующей сборке 1.1.18.16.
В данном случае неправильно отрабатывала загрузка обработчиков уведомлений, поэтому при запуске новой сборки сохраненный ранее обработчик системного трея должен появится.

P.S. Информация по обработчикам уведомлений сохраняется в отдельном месте при любым изменениях, связанных с обработчиками, и не связана с файлом конфигурации.