Транзак основной можно переключать на резервный и обратно при открытой позиции. Ничего не теряется. Это ж легко проверить.
Даже если заявки не переносятся, то лучше потерять один шаг при расчете скрипта, сделать вход на следующем выставив "действие автооткрытия" - 2.