Если по условию открылись две противоположные поз-и можно ли их незакрывать (если они прибыльны) а перейти поновой на перерасчет скрипта? Проверка открытых позиций только останавливает скрипт...

Ну так очевидно просто добавить проверку наличия шорта и наличия лонга, далее от нее Not на закрытие поз. Ну и соответственно придумать новое закрытие по профиту или еще как.