Если под гибкостью понимается писать в Program Files, то про это можно забыть. Как я писал выше в последние Windows не дают туда писать даже под правами администратора.
Также с точки зрения бекапа, наоборот все правильно: разведен код (который постоянный и не нуждается в бекапе) и изменяемые данные(в AppData). Для восстановления состояния, например на новом компьютере необходимо проинсталировать (или просто развернуть последную сборку) и восстановить бекап данных. Все логично. Сохранение и восстановление бекапа данных реализовано в программе.
Но тут есть нюанс. Если используются источники данных на SmartCom и NetInvestor на чистом компьютере необходимо инсталировать доп.компоненты под них.