Колонку Доступно использовать нельзя, если позиция уже открыта, там не будет верная стоимость портфеля.

Похоже, алгоритм нужно доработать. Текущую вар. маржу нужно учитывать только если она отрицательная. Если положительная - то не учитывать. Т.е. примерно как вы и написали.
Если честно алгоритм работы РТС мне не понятен. Почему они убыток могут учитывать сразу, а прибыль нет...