Если агент ни разу не запускался, то правильно делать так:
1. Правая клавиша, свойства
2. Изменяете свойства(параметры оптимизации, какие-либо флаги)
3. "применить", "ок"
4. Нажать "Выполнить" , либо F5

Если агент уже был запущен один раз, то торговые настройки менять так:
1. Управление агентами
2. Кнопка Тн (торговые настройки)
3. "применить", "ок"