Переписать код, предложение понятное, но есть вероятность сделать другие ошибки, пусть на начальном этапе. Посмотрим, может в версии 1.2. Сейчас попробуем найти в существующем коде. Просто надо было поднимать вопрос, раз проблема не ушла. Давайте, в тот момент когда настройки собьются, скиньте файл конфигурации и обязательно укажите в каком окне какие настройки сбились.
А так, навскидку, можете сказать, какие настройки сбивались?