Как обнулить сделки ( историю рабочего ) скрипта?
Где она хранится?
Как отменить пропущенные сделки?

Пропущенные сигналы отменяться сами при пересчете. Вся информация о сделках храниться в appdata.
Но намного проще и быстрее просто переименовать скрипт, это имхо.

А то что переименованный(новый) скрипт запускается и в нем уже сделана одна сделка
( но на самом деле ее нет )
Это нормально? Как поступать в этом случаи?

Это последний насчитанный сигнал скриптом. Его можно исполнить в ручную из менеджера команд. Как только совершиться первая сделка скриптом, этот сигнал пропадет.