Думаю, в текущий момент никак. Нужно закрыть позицию вручную, а скрипту дать новое торговое имя. Еще можно в кеше сделок/заявок изменить количество в нужной сделке, но лучше не стоит этого делать.
Удалил скрипт, затем создал новое торговое имя этого скрипта. В таблице Управ.торг.скрипт. в колонке Скрипт указывается само имя скрипта, а в скобках - его торговое имя. Чтобы подцепить к скрипту открытые вручную позиции, в комментарии нужно писать только имя скрипта (без торгового имени) или также, как указано в таблице: Имя(Торговое имя).Имя Блока открытия позиции?