Сейчас это можно сделать через Менеджер Команд. Правой кнопкой на сигнале закрытия - "закрыть по рынку", после этого остановить скрипт.
Либо сначала остановить скрипт, и в менеджере конмад будут команды на закрытие всех открытых позиций.