Разница в количестве баров на одинаковом промежутке времени может быть вызвана только отсутствием их в скачиваемых данных, у самого бывало иногда, когда качал котировки с http://mfd.ru/Export/ и вставлял в Эксель, а потом иногда замечал пропущенные бары, но не более 2-3 раз за год выходило...
почему-то мне кажется, что при использовании реальных данных от АйТи такого быть не должно. в любом случае могу посоветовать попытаться уровнять количество баров... а еще лучше сильно не париться, а просто взять и принять наихудшие результаты как самые близкие к реальным, получится лучше - прекрасно, получится по-минимуму - тоже неплохо, а то ведь иногда бывает, что лучше вообще не торговать...