Какое значение установлено для параметра "Сохранять конфигурацию при выходе" в настройках программы? Не могло получиться, что при перезапуске пропали последние изменения, сделанные после ручного сохранения?
Можно прислать конфигурацию? и желательно указать какие настройки в каких окнах не сохранились.
В логах вряд ли будет что-то интересное, но на всякий случай тоже пришлите, а вдруг...