В общем проблема понятна стала. Смартком иногда умудряется присылать заявки и сделки, а уведомление о присвоении транзакции номера заявки приходит с запозданием. Из-за этого не получается определить комментарий. У нас был специальный механизм отложенного парсинга таких заявок, а вот для сделок не было, т.к. не сталкивались, что на столько сильно запаздывает. Придется его так же вводить. А после перезапуска комментарий подхватывается, потому что вся нужная информация уже есть.