1. Скрипт продолжает работу, но нужно понимать, что память программа уже исчерпала и периодически может уходить в своп. По-этому в такие моменты лучше перезагрузить программу, предварительно остановив скрипты. Лечиться это ограничением баров в свойствах скрипта. Так если у Ваших индикаторов максимальный период допустим 50 баров, то для правильной работы скрипта вполне будет достаточно 100 баров.
2. Эта проблема была решена.
Для комфортного пересчета скрипта подведите таки часы на локале если они конечно действительно отстают.