1. Да, это проблема появилась в последних версиях, недавно я в сборках ввел опцию "не рассчитывать позиции". Как раз для случая ручного управления заявками.
2. Да, так и есть. Позиции рассчитываются вручную и все сделки для программы равнозначны.