Если галки стоят, но скрипт все равно не торгует. В окне менеджер команд появляются команды с отключенным флагом разрешено, то скорее всего скрипт пытается выставить команды "задним числом". Иными словами, команды появляются для прошедших баров, хотя в предыдущем расчете (когда этот бар был последний) команды не было.
Ниже приведены случаи, которые уже встречались:

1. Используются неверное сделанные индикаторы, которые меняют свои значения при появлении новых данных.
2. При использовании API функции открытия/закрытия позиции вызываются для i-го бара, а не i+1 (заглядывание в будущее)
3. Использование метода декомпресии 2.
4. При использовании API функции неправильно прописан торговый цикл (не идет расчет для последнего бара). Например, "i < barsCount-1".


----------------------

5. Торговля на тиках. Тики от брокеров приходят пачками несколько раз в секунду. По-этому торгуя на периоде 1 тик, значения в параметрах Автооткрытие/закрытие не должны быть 0.
6. не хватает загруженной истории в агент для полного расчета индикаторов