вы по сути организуете обмен между экселем и вашей программой файликами. В каком они будут формате? Да в любом удобном. Эксель просто создает файлик, а ваша прога увидев его читает с него нужные параметры. и наоборот прога создает файлик. а эксель увидев его подгружает данные. Это конечно не абы какой быстрый обмен, так что если делаете пипсовалку то лучше все расчеты в скрипте вести. Если же не пипсовалка то нормально.