Предлагаю сделать следующим образом:
В блоке открытия позиции сделать флажок "всегда показывать в Менеджере команд".
В менеджере команд сделать колонку с кнопкой (войти/выйти).
Там будут показаны строчки с сигналами (позициями) из запущенных скриптов.
Можно будет в любой момент сказать скрипту "войти" и после этого скрипт перейдет в режим ведения позиции.
В самом скрипте блок открытия может выглядеть просто как блок покупки по рынку без условия (автоматические исполнение входов должно быть выключено).
Т.е. в скрипте по сути будет только механизм ведения позиции, без входа.

Остается вопрос, как подцепить УЖЕ купленные бумаги. Тут у меня особых идей нет, кроме как дать возможность поменять комментарий у сделки, чтобы ее начал видеть скрипт. С одной стороны решение простое, а с другой можно напортачить.