Если я правильно понимаю логику поля "Стоимость денег" вблоке комиссия, то программа при расчете использует как раз для рассчета платы за маржинальные позиции. Т.е. открыв короткую позицию на 10000руб. и закрыв ее через 5 дней, она делает рассчет платы за плечо 10000*(16%/365*5)=22рубля.
Что за вопрос про шорты? если доходность с ними меньше то убери, если больше то оставь.