Разработчики прислали свой комментарий. Суть его сводится к тому, что указанная ситуация возможна, если между запросами <command id="get_forts_positions"/> было подано поручение на новый ордер, который хотя бы частично исполнился.
В этом случае придет <forts_position> но только по тому счету, по которому был исполнен ордер, по другим счетам, подключенным к логину, при этом информация передана не будет.

То есть при исполнении ордера информация по позам передается только по счету, по которому было выставлено поручение, поэтому может создаваться эффект исчезновения строчек на вкладке "позиции".